正因为套利交易有这么多好处，国际上绝大多数交易所都对套利交易实行优惠措施。优惠主要体现在收取较低的保证金和较低的手续费，并且开设套利交易通道等方面。比如，在单边买卖一张合约需要2 000美元保证金的情况下，进行同品种跨月套利交易的一对买卖保证金可能只要500美元。这样，就大大节约了套利者的资金成本，使得交易者在同等资金条件下可以做更多的套利交易。同样，在手续费收取上，对套利交易者也有较大的优惠。

国内期货市场中，郑州商品交易所和大连商品交易所都推出了自己的套利交易指令。

例如，大连商品交易所规定套利交易的保证金只收两个保证金中较高的一个，交易手续费也有优惠。其交易系统用“SP”表示跨期套利交易，若指令买进“SP a1409&a1501”即代表买进“a1409”合约同时卖出“a1501”合约，买卖数量相等；若卖出“SP a1409&a1501”即代表卖出“a1409”合约同时买进“a1501”合约，买卖数量相等。交易系统用“SPC”表示跨品种套利交易，若指令买进“SPC y1409&p1409”即代表买进“y1409”合约同时卖出“p1409”合约，买卖数量相等；若卖出“SPC y1409&p1409”即代表卖出“y1409”合约同时买进“p1409”合约，买卖数量相等。

在申报套利指令时，同样要输入买卖数量和价格，不过这里的数量并非单个合约，而是成对的合约；价格也并非单个合约的价格，而是前一合约与后一合约的价格差。

例如，交易者申报指令为“买进2手SP a1409&a1501，限价-50元”，意味着前一合约价必须低于后一合约价50元时才能成交。下列最终成交回报都符合要求：前一合约买进成交2手，成交价4 481元,后一合约卖出成交2手，成交价4 531元，差价为-50元；前一合约买进成交2手，成交价4 480元,后一合约卖出成交2手，成交价4 531元，差价为-51元；前一合约买进成交2手，成交价4 481元,后一合约卖出成交2手，成交价4 532元，差价为-51元。